종단의 활동을 전반적으로 계획하고 집행하는 부서로 총무국, 인사국과 시설국을 두고 있습니다.
종헌 종법 시행에 따른 행정이나 불사 등을 집행하고 관할하는 것을 가장 중요한 업무로 삼고 있습니다. 그밖에 종단을 대표하여 공무 행정과 도서 출판, 그리고 종단홍보를 관장하며 종단과 관계된 건축 및 토목 불사 설계 및 허가에 관한 사항을 담당하고 있습니다.
인사국의 주된업무는 인사발령입니다. 종단의 발전을 위해서는 부족한 인력을 적재적소에 발령하여 업무분담을 시키는 일이 매우 중요합니다. 이를 위해 인사국에서는 가장 중요한 종단 인사인 주지 발령권, 신도회장과 각 지역의 신도회 간부, 그밖에 종단 인사에 대한 임명과 종도 전체의 상벌에 관한 사항을 통괄합니다.
시설국은 종단 사찰 건물의 신축, 개축, 보수 및 시공에 관한 업무와 사찰 조경 및 단청에 관한 업무를 책임지고 있습니다.